Fundado em 17 de dezembro de 1955, o Bunkyo nasceu com a missão de organizar as comemorações do Cinquentenário da Imigração Japonesa no Brasil, em 1958. Desde então, tornou-se a principal entidade representativa da comunidade nipo-brasileira, atuando na promoção da cultura japonesa e no fortalecimento das relações entre Brasil e Japão.
Sua sede, inaugurada em 1964 na Rua São Joaquim, no bairro da Liberdade (São Paulo), reúne hoje o Museu da Imigração Japonesa, o Grande Auditório, a Biblioteca e outros espaços culturais. A entidade também administra o Pavilhão Japonês, no Parque Ibirapuera, e o Centro Esportivo Kokushikan, em São Roque.
Ao longo de sua história, o Bunkyo organizou grandes marcos comemorativos da imigração japonesa – os 50, 60, 70, 80, 90, 100 e 110 anos – recebendo autoridades e membros da Família Imperial do Japão em diversas ocasiões. Hoje, junto a outras entidades parceiras e por meio de seus Diretores Regionais espalhados pelo país, o Bunkyo segue liderando iniciativas culturais, sociais e de intercâmbio que conectam a comunidade nikkei em todo o Brasil.